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La cripta è detta anche Madonna delle Grazie. E' un errore aggiungere il nome di Santa Marina.
E' unanimemente ritenuta una delle cripte bizantine più importanti, perché vi sono custoditi gli affreschi più antichi firmati e datati. La bibliografia sulla cripta è immensa e dimostra l'interesse degli studiosi per essa.
 La cripta si compone di due ambienti ipogei: quello più grande costituisce la chiesa; quello più piccolo, un endonartece con funzioni cimiteriali. Vi si entra da due scalinate.
Due pilastri dividevano originariamente la chiesa in due navate, ognuna con un'abside (al posto del pilastro caduto, furono costruiti tre più piccoli).
Nell'abside piccola, il pittore Teofilatto affrescò un Cristo Pantocratore nella nicchia, con l'Annunciazione fuori della nicchia: a sin. guardando c'è la Madonna Annunziata; a destra l'Arcangelo Gabriele. Un'iscrizione riporta il nome del pittore Teofilatto, la data dell'esecuzione (maggio 959), la committenza (prete Leone, moglie Crisolea e figli).
Seguono l'immagine di Sant'Anna con la Madonna bambina e una piccola nicchia con funzioni liturgiche.
Nell'abside della navata di sin., le immagini del gruppo del pittore Eustazio: il Cristo Pantocratore all'interno della nicchia, un Madonna con Bambino sulla sinistra, l'Arcangelo Michele e Santa Cristina sulla destra. Anche qui un'iscrizione indica il pittore Eustazio, la data del 1020, il committente Aprile.
Il muro si sinistra è tutto affrescato con una serie di santi in piedi. Tra questi, due immagini di Santa Cristina. Oggi gli studi fissano questi affreschi a un periodo coincidente con quello degli affreschi di Teofilatto e di Eustazio.
Segue un gruppo di affreschi eseguiti dal pittore Costantino, con la data 1054-55.
Sull'unico pilastro originario, sono affrescati San Teodoro, Santa Cristina, San Nicola; sarebbero stati eseguiti tra la fine del X e l'inizio dell'XI sec.
All'unione delle due grotte, c'è l'altare (1775) della Madonna delle Grazie.
Nel nartece, è presente un arcosolio. Dalla lunga iscrizione si ricava che vi è sepolto un bambino, Strategoules, Gli affreschi dell'arcosolio (iscrizione, Santa Cristina, San Nicola, Madonna con Bambino) risalirebbero agli anni 1055-75.
Seguono altri affreschi sul muro ovest (San Biagio, S. Antonio Abate, e una tarda Santa Marina).
Per visite guidate alla Cripta di Santa Cristina contattare i responsabili al Numero: 339/44025798
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