Il nome di Arnesano deriva, secondo alcuni, dal nome romano Armisio, che fu un centurione cui toccarono queste terre nella ripartizione che fecero i romani dopo averle conquistate. In questo caso le origini sarebbero molto remote.

Secondo altri, il nome deriverebbe dal latino Arne sane, ossia luogo di pecore feconde, ed in tal caso le origini del paese sarebbero datate intorno al X secolo. Secondo altri ancora, deriverebbe invece dal latino aer sanus (aria salubre) per via del clima mite e dell'aria pura che, in questo luogo, si respirava.